チョンホにともなわれ姿をあらわした医局長ユンス。あわてたオ・ギョモとチェ女官長は互いに罪をなすりつけ、その結果、これまでの悪事を暴露しあうことに。報告を受けた中宗は今回の件を左賛成に一任。チョンホはパンスルの屋敷を捜索し、パンスルを捕らえる。
一同の取調べが始まる直前、チェ女官長が逃亡を図る。宮中内に潜み、尚宮(サングン)たちに助力を求めるが、応じるものは誰一人いなかった。チャングムはチェ女官長に自首するよう勧め、チェ女官長は今一度ミョンイの墓前に向かう。
取調べが終わり、それぞれの刑が決まった。クミョンはチャングムにあるものを手渡す。刑に服するクミョンに、最後の声をかけるチョンホ。答えるクミョン。
中宗は、自分の病を明かし、オ・ギョモらの悪行も明かしたチャングムにほうびを遣わし、チャングムに願いをたずねる。チャングムには三つの願い事があった。
自殺した医局長ユンスの遺書の存在を巡り、疑心暗鬼のチェ一族とオ・ギョモ。チェ女官長は意を決してチャングムを訪ね、ミョンイの墓前に案内してもらう。
一方、ヨンノの心変わりに気付いたチェ一族はオ・ギョモ側の意図を知り、ヨンノをいち早く探し出す。ついにオ・ギョモへ反旗をひるがえすチェ一族。とくにチェ女官長はクミョンとチェ一族を守るため、あらゆる火種を消しにかかる。
中宗は医局長の遺書をチャングムが持っていると聞き、内侍府(ネシブ)の長官に入手を命じる。また、チェ女官長から聞かされた皇太后もチャングムを呼び出し遺書のありかを問い詰める。チャングムは真実を后に打ち明けることに。
ヨンノの告発により、免職処分になったオ・ギョモ。そんな時、ヨリがユンスの遺言を役所に届け出た。あらためて取調べを受けるオ・ギョモ。そこへ内侍府(ネシブ)の長官が現われ、王命を伝える。アヒル事件の関係者を再度、全員取り調べよ、とのことだった。
チャングムの治療により、中宗は視力を取り戻す。病名はユンスと同じながら処方が異なった理由を説明するチャングム。一同は感嘆し、オ・ギョモはユンスから医局長の座を取り上げ、自らの保全と巻き返しを図る。病気の真相が明らかになったことから、クミョンとチェ女官長への嫌疑も晴れ釈放されることに。チェ女官長は早速、自分たちを積極的に助けてくれなかったオ・ギョモに詰め寄る。
チャングムはヨンセンを通じて、中宗に拝謁。ハン尚宮(サングン)の名誉を取り戻してくれるよう訴えるが・・・。
医局長の座を追われ、身の処し方に思い悩んでいるユンス。チャングムはチョンホと一緒にユンスを訪ねる。今回の件で誤診が明らかになった以上、アヒル事件についてもユンスの証言を得たいチャングム。時を同じくして、チェ一族がユンスの自宅に刺客を送り込む。
患者たちの治療を続けた結果、病名はわからないものの中宗の病気の真相を確信したチャングム。時を同じくして、医学書を読みあさったユンス、そしてウンベクとイクピルも真相に気付く。宮中に戻り后に報告するチャングム。そこへユンスが姿をあらわし、病名と処方をチャングムに先んじて告げる。しかしユンスの処方はチャングムのそれとは異なるものだった。
一方、后が独断でことを進めていることに不満のオ・ギョモたち。しきたりを無視したやり方だと后を非難し、医局長ユンスとオ・ギョモに主導権を戻すよう要請、后も従わざるを得なくなる。
しかしながらユンスの処方で中宗の病状は悪化、后はあらためてチャングムに中宗の治療をゆだねることに。また同時に、チェ女官長とクミョンにきせられた疑いも晴れることになる。チェ女官長はヨリを試し、ヨリの背後にいる人物の正体を知る。
いったんは回復の兆しを見せた中宗だが、容態は再び急変。捕らえられ后に詰問されたチャングムは、治療を間違えたのではなく病が進行した結果だと告げる。
后に命じられ、中宗の病気の真相を突き止めることになったチャングム。内侍府(ネシブ)の長官に連れられて行った菜園には、チョンホとチャンドクが待っていた。すでに菜園には中宗と同じく傷寒症を繰り返している患者が集められており、チャングムは早速、治療を始める。
一方、宮中では相変わらず水剌間(スラッカン)と内医院(ネイウォン)が責任のなすりあい。チョンホの提案でウンベク、イクピルも中宗の脈診をすることに。これ以上チェ一族との対立を長引かせたくないユンスだが、ヨリはさらにクミョンを陥れる細工をする。そのためパンスルの屋敷にまで捜査が及ぶことになる。ヨリは状況を報告するため、ある家を訪れる。
チャングムはシンビに頼み、以前王殿に仕えていたウンビから話を聞きだす。ささいな症状のため中宗の病状日誌に書かれていない事柄が、実は病状に関与しているのではないか、とチャングムは推測していたのだ。ウンビとシンビの会話を偶然耳にしたユンスもあることに思い当たるのだった。
窮地に陥っているチェ一族の頼みの綱はオ・ギョモ。しかしオ・ギョモ自身も保身を図り、クミョンにつづき、チェ女官長、チェ・パンスルも投獄されることになる。