1862年将軍徳川家茂の上洛時に警護する「浪士組」として始まる。その後、「壬生浪士組」「新選組」と名を変え、京都守護職の松平容保から尊王攘夷や倒幕を唱える藩や浪士の取締りと京都市内の治安維持を任じられる。
1864年、京都三条木屋町の旅籠池田屋に潜伏していた長州藩、土佐藩など尊王攘夷派の志士たちを襲撃し9名を殺害、20名を捕らえた「池田屋事件」で新選組の名は天下に轟いた。

暗殺・拷問・内部粛清を繰り返し、京都の町衆を震え上がらせた新選組だが、近藤勇、土方歳三など農民出身者が多く、武士に憧れ剣術の道を選び、武士として認められることを望んでいた。

幕末、寺の北側にある八木邸が新選組の屯所(本拠地)となり、境内が兵法調練所に使われた。
新選組隊士の墓である壬生塚が残っているなど、新選組ファンの聖地となっている。

新選組の屯所だった八木邸。初代筆頭組長だった芹沢鴨と平山五郎が暗殺された場所として有名で当時の刀傷が残っている。 事件は、長州藩の仕業とされ、翌日には近藤勇を葬儀委員長として盛大に葬儀が行われた。しかし、実行犯は土方歳三、沖田総司などで、派閥争いからの内部粛清だったといわれている。

小さな村なのに２つの異なる場所に埋墓、参り墓は4か所に分かれている。その理由は神社の存在があり、葬儀の行列が神社を跨いではいけないとの習俗からこのような形態になったと考えられている。

馬場垣内地区と東垣内地区は村内に隣接両墓型墓地があるが、上垣内と桑垣内地区は村内に石塔墓地がるが、埋墓は隣村にある。

この墓の成り立ちを伝聞で聞いている人たちがいる。代々の墓を守っている彼らから「先祖の存在」や「先祖をどう祀ってきたのか」など詳しく話を聞く。