ケズルのもとにフクロウが飛んできてアーニャのメッセージを伝える。
アーニャはケズルたちの身を心配し、「自分のことを探してはいけない」と言ったが、
そのメッセージには居場所の手がかりが隠されていた！
さっそくその場所へ向かうケズルだったが、
ドラゴヘルムの四天王ドーラとパートナーマジンのクレーピオンが立ちはだかる。
クレーピオンの攻撃にバルニャーの心は闇落ちし、戦闘不能になってしまい…？！

クラっちの夢に伝説の７マジン ムゲンブが現れた。
リュウマに連れ去られたアーニャを助けだすには更なるパワーが必要だ。
ムゲンブに会えればパワーアップができると考えたクラっちとワニスケはさっそく出かける。
だがムゲンブを探していたのはクラっちたちだけではなかった。
目の前に現れた敵とムゲンブのパワーをめぐってバトルが始まる。
戦いの中でクラっちとワニスケの魔力はどんどん高まっていき、ついにワニスケは…！？

ドラゴヘルムを復活させようと考えるリュウマは、
邪魔な存在となるグレンガルドの王女アーニャを連れ去ってしまった！
校長からドラゴヘルムとグレンガルドの歴史を聞いたケズルたちは、
力を合わせてアーニャを救いだそうとする。
一方、ケズルがリュウマに敗れたと聞いたシルヴァーは、
自分こそが最強だと証明するためリュウマに戦いを挑む。
急いでシルヴァーの元に駆けつけたケズルたちが目にしたものとは…！？

バトルトーナメントに優勝して超ハイテンションなケズルとバルニャーは
ヒミツ基地でパーティをすることに！
みんなでノリノリに盛り上がるが、いつまで待ってもアーニャが来ない。
その頃、アーニャはマジカ社の地下にいた。
実はとんでもない危機が迫っていたのだ！
ケズルたちに知らせようとしたアーニャの前にある人物が立ちはだかる！
その人物とは…！？

バルニャーはクロスバーン・バルニャーに進化！
パワーアップした必殺技を次々に繰り出してワンナイトを攻撃していく。
「俺は、この立ちはだかるゼーーーッペキを乗り越えられるのか！？」
激しい戦いにシルヴァーは燃える。
だが、さらに絆を深めたケズルとバルニャーを見たワンナイトは…！？

バトルトーナメント決勝戦前夜。
ケズルとバルニャーは同じ夢を見る。夢の中に現れた伝説の７マジンのペガサ
イダーとケトスクルズは、ケズルたちに厳しい修行をさせる。
そして翌朝、迎えたシルヴァーとの決勝戦。
ついにバルニャーとワンナイトの一騎打ちだ！
次々繰り出されるワンナイトの必殺技に追い詰められてしまうバルニャー。
だがその時、ケズルとバルニャーは夢での修行を思い出して…！？

いよいよケズルとシルヴァーの決勝戦間近！
その前のとある夜、ヒミツ基地内のマジン専用秘密のクラブにマジンたちが集まっていた。
バルニャーの決勝進出お祝いパーティを開くことになったのだ。
フクロックの司会で「バルニャー武勇伝」がスタート！
バルニャーとケズルの『出会い期』、そして『凹み期』、続く『激闘期』を振り返っていくが…？

準決勝、第二試合はケズルVSエリック。
バトルの舞台は『気まぐれ金魚コロシアム』。
金魚がエサを食べるたびに、とんでもない仕掛けが発動するのだ！
ケズルとエリックのマジンたちが次々とバトルに挑んでいく。
何としてもエリックを決勝戦へ行かせたいキリサメ。
その激しい攻撃に追い込まれたディスコウはある作戦に打って出る…！

マジカアカデミーバトルトーナメント。
勝ち上がったのはケズル、カンナ、エリック、シルヴァーの4人。
準決勝がスタート！まずカンナとシルヴァーが激突…と思いきや、
バトルではなくゲームで対決することに！
魔法使いとパートナーマジンの絆が試されるのだ！
カンナとジャグージャの息はピッタリでどんどんポイントを取っていく。
ところがシルヴァーとワンナイトは…？

ケズル、カンナ、エリックが勝ち抜き、ベスト4に進めるのはあと1人！
クラっちが勝ち進むには、あのシルヴァーと戦わなければならない。
そこで、ノコクワガというマジンをパートナーにしようとする。
そしていよいよシルヴァーとのバトルがスタート！
シルヴァーの新たなマジン、グミザードはかなりの強敵だったが、クラっちは決して諦めない。
クラっちにはどうしても勝ちたい理由があった。それは…？