再び恭嬪が倒れ、薬草を求めて地方に行くことにしたジュンは、出立前にチョンスを訪ねてソクのことを善処してほしいと頼む。留守中、恭嬪を診るチョン奉事はドジに相談するが、ドジは的確な指示を出さない。間もなく、恭嬪は危篤となり、チョン奉事が鍼を打とうとしているところにジュンが戻ってくる。そして、治療の指示をドジがしたと知る。
ジュンの治療で安定を取り戻した恭嬪。同じ頃、仁嬪の命令で恭嬪を呪うため、履物や衣服が巫女のもとに持ち込まれたと知ったホンチュンは巫女を問いただす。話を聞いた恭嬪は仁嬪を訪ね「今回は不問に付すが、次に同じことがあれば一族を根絶やしにする」と宣言。一方、ドジの母は都を去ることにし、ジュンにこれまでのことを詫びるのだった。
仁嬪に男児をと言われるドジ。恭嬪には2人の王子がいるが、王妃に子供がいないため、仁嬪が男児を産めばその子が王になる可能性もあることから仁嬪も必死だった。同じ頃、ホンチュンはオグンから求婚され、2人は周囲に祝福されて結婚する。一方、内医院では仁嬪が優遇され、恭嬪には質の悪い薬しか回って来ず、医女たちがもめていた。
恭嬪が仁嬪から門前払いにあったと聞いて、恭嬪の兄は怒り心頭。その後、妓房でジュンと一緒の恭嬪の兄は、ドジを連れた仁嬪の兄ゴンニャンと鉢合わせし言い争いになる。恭嬪を心配するジュンに、母は「時が解決してくれる」と助言する。その頃、ソクは使い込みが発覚しそうになり、ドジを頼るが相手にされず、渋々ジュンの家を訪ねるが…。
獄中のダヒは、ジュンが恭嬪の治療をしていると聞いて希望を抱く。ジュンの懸命の治療でようやく恭嬪の意識が戻り回復したのを見て、王は深く感謝するが、ジュンはまた牢につながれてしまう。恭嬪の嘆願に意を決した王は重臣たちにジュンの赦免を告げ「抗議する者は罪に問う」と宣言。ジュンとダヒは許され、晴れて牢から出される。
ジュンが今度こそ赦免されたと知って、母はようやく安心し喜ぶ。その頃、仁嬪が懐妊し、ドジは千載一遇の好機とほくそ笑む。仕事に復帰したジュンは恭嬪の侍医に任命され、恵民署をあとにする。恭嬪に挨拶したジュンは「心が暗いと体にもよくない」と心配。恭嬪は王の関心が仁嬪に移ったことから、暗い気持ちを抱えていたのだった。
ジュンが捕まったと知った恭嬪は王に彼の赦免を嘆願する。内医院では「重罪を下せ」というチョン・ソンピルらと、「才能が惜しい」というソン大監らが意見を闘わせていた。そこに「功労を認め赦免する」との王命が下る。だが、重臣たちの抗議で王命は取り下げられてしまう。やがて審問が始まり、ジュンは両班の娘との結婚を責められる。
ジュンへの真摯な愛を訴えるダヒ。しかし、許されるはずはなく2人は獄舎に戻される。同じ頃、恭嬪が胸の痛みを訴えて意識不明に。イェスも匙を投げ、王の命令でジュンが呼ばれる。ジュンの刺鍼と灸により容態は一時的に安定するが、まだ油断はできないことから、王は治療をジュンに任せる。それを知ったドジは内心穏やかではない。
明で重臣のムン大監に気に入られたドジは、大監から王の側室・仁嬪の兄キム・ゴンニャンを紹介される。ゴンニャンから仁嬪が懐妊できるよう手助けをと言われ、これが最後のチャンスと誠意を込めて生薬を煎じる。王から褒賞として医官としては初めて虎皮を下賜され、昇進もしたジュンだが、今のままではいられないことをわかっていた。
チョンスに会ったジュンは「医者としてやるべきことがある。別のことで罪を償いたい」と訴えるが、彼の過去の話は内医院でも知られ大騒ぎとなる。結局ジュンは捕えられ、ダヒも連行されてしまう。ソクはそれを知って大喜び。恵民署ではジュンの過去を知ってみんなが驚いていた。イェジンはショックで倒れたジュンの母の看護にあたる。