ある時、ジュンが留守中に来た役人が倒れ、鍼治療したウノクはその腕をジュンに認められる。内医院ではジュンの不在で医書編纂が進まず、ドジはジュンに作業を任せたいと考え、オグンやサンファたちが秘かに資料を運ぶ。喜んだジュンは作業に励み、医書は次第に完成に近づく。その頃、内憂を抱える光海君はジュンを呼び戻すと言い出す。 ジュンがマンギョンらと通じていたことが明るみになり、重臣らの間で問題となる。そんな中、ジュンは遂に医書を完成させ「東医宝鑑」と名付ける。医書を読んだ王・光海君の命令で赦免されたジュンは、王に「余生は山陰(サヌム)で貧しい民のために尽くしたい」と申し出る。そして、ヤンテとオグン夫婦もジュンについていくことを決める。
斬首が叫ばれる中、ソン大監の提案で流罪と決まるジュン。王・光海君もそれしかないと同意する。流罪の王命に感謝するジュンは、家族やヤンテたちから涙で見送られ山奥の流刑地に到着。使用人として働く娘ウノクに「来る必要ない」と言うジュンだが、ウノクは自分が県監から監視のために送られてきたことを話す。その時、病人が家を訪れる。 罪人だからと断わったジュンだが、患者の訴えに根負けして結局診察することに。亡き父が医者だったというウノクが、医学に興味を抱いていると知ったジュンは好きなだけ医書を読むよう勧める。その後、評判を聞いた村人が次々に家を訪れ、補卒にもかばわれてジュンは診察で忙しい日々を送る。都では光海君がジュンの家族を心配していた。
大君を王にと訴えるチョン大監とゴンリャンに、大君はまだ3歳という王は「次の王は光海君」との王命書を渡して倒れる。ジュンと医女セヒの口を封じればいいと、チョン大監は2人を呼び出して「王命書の存在を忘れろ。そうしなければ命はない」と脅す。だが、ジュンは屈せず、心配して説得するドジに「道をはずれてまで生きたくない」と言う。 王が遂に臨終の時を迎え、王命書の存在が取り沙汰されるようになり、御医女ホンチュンはセヒに「下手に口にするな」と忠告。遺言がないため、光海君が即位できないと憂慮するソン大監に、ジュンは王命書の存在を告げる。ジュンは王逝去の責任を問われることが決まっていた。これまでのことを回想するジュンは、みんなに別れを告げ連行されていく。
ミョンゴルらがジュンが信用できないと言う一方で、ヒ素を使うのは光海君を害するためと考えたチョン大監はジュンを褒める。それに対して怒りをあらわにしたジュン。そこでチョン大監は、医女ソヒョンを拉致させ「親の命が大事なら、ヒ素の量を増やせ」と脅す。だが、ソヒョンは応じず、下吏に実行させる。その時、光海君の意識が戻る。 新たに薬を飲むことなく、光海君は快方に向かう。ソヒョンの訴えで両親も無事に解放されるが、黒幕がチョン大監だという証拠はなかった。その頃、王・宣祖の病気で政務が滞り、宮廷は紛糾。王の診察をしたジュンは死期が近いと感じる。今のうちに永昌大君を時期王にと考えるチョン大監は、ジュンの制止を振り切って王のもとに乗り込む。
ある日、ジュンは医書編纂の予算が打ち切りになったと知らされる。同じ頃、光海君が頭痛を訴えるが、ジュンは王妃の息子・永昌大君を診ることになり、それを知った光海君は寂しく思う。チョン大監に呼ばれたジュンは「予算はなんとかするから、大君を診ろ」と言われる。板挟みになったジュンは「御医を辞めたい」とドジたちにこぼす。 光海君が倒れて重篤な状態に陥ったのを見て、チョン大監ら大君派は喜ぶ。ジュンは光海君派のチェ・ミョンゴルから、わざと治さないのかと疑われるが、光海君はジュンを信じる。雨水を集めさせ、ヒ素を使った投薬を開始するジュン。それを知った王は、「使い方次第では毒も薬になる」と主張するジュンに「今すぐ投薬をやめろ」と命じるが…。