ドジは王から「もう任せられない」と言われてしまい、王妃は明の医官の診察を受ける。その頃、長年ギョムに片想いしていたはずのオンニョンは、縁談相手の医者マンドクに心変わりし、イルソ夫婦を失望させていた。間もなく、明から戻ってきたジュンが王妃を診察。王妃が想像妊娠だと所見を述べたジュンに、重臣たちは不敬だと騒ぎ立てる。 担当の医女ソヒョンも王妃の懐妊を否定し一件落着する。そして1606年、王妃は男児を出産。初の嫡男誕生に王は喜ぶが、光海君は世子としての立場が危うくなる。騒がしくなる宮廷に、ジュンは「自分たちは医官の仕事に専念するまで」と動じない。一方、結婚したオンニョンは夫マンドクの暴力や遊びに悩まされ、ギョムは県監へと出世していた。
自分の親友チャン・ヨンギの娘を王妃にしたいゴンリャンは、ドジを呼んで対立候補のキム・ジェナムの家の病歴をねつ造するよう強要。同じ頃、ギョムにも縁談がくるが、ギョムはイルソの娘オンニョンとの結婚を希望する。その後、キム・ジェナムの娘が王妃になり、ゴンリャンから詰め寄られたドジは「自分は一介の医官に過ぎない」と返答する。 医書の研究のために明への渡航を申し出るジュン。ドジの口添えもあって許されたジュンは明に旅立つ。宮廷では懐妊した王妃が足の痛みを訴えていた。王妃の足には浮腫ができていたが、ドジは心配には及ばないと判断する。だが、浮腫が次第に膿んできて治らないのを見た重臣たちは、訪問中の明の使臣団が抱える医官に診察させようと言い出す。
1602年となり、医書の編纂に励むジュンは、チョン大監から重病のソン大監を回復させないよう言われてはねつける。そこに、王が先の戦争中のジュンの功を讃えて正一品を与えると言い出し、重臣たちは大騒ぎになる。ジュンを潰そうと考えたチョン大監の意を汲んだ仁嬪の兄ゴンリャンは、ジュンとイェジンの仲が怪しいと進言し噂が広がる。 王に呼ばれたイェジンは、ジュンに対する尊敬と自分の片想いを率直に語る。そして、内医院の医官となったサンファを呼んで、サムジョク寺に戻ることを告げ、医書の編纂をするジュンの補佐を頼んで王宮を後にするのだった。宮廷では王妃の死から2年経つことから継妃選びが始まり、内医院の医官は候補者とその家族の健康状態の調査にあたる。
平壌城にはサンファが担ぎ込まれ、弾がかすっただけで命に別条なかったことがわかり、みんなは喜びに沸く。そんな中、ギョムが撃たれてかすり傷を追う。そこに信城君逝去の報が届き、ギョムは快く父を送り出す。義州に着いたジュンは衰弱した王・宣祖を治療。そして、投獄されたドジを気遣い、自分の代わりにドジに鍼治療を任せたいと言う。 ドジの鍼で快方に向かった王は、ジュンに忠誠心を疑ったことを詫び、ジュンに免じてドジを許す。ドジはジュンの前でひざまずき、これまでの許しを請い、涙を流すのだった。間もなく、平壌城が落城するが、脱出した光海君が義州に到着し、状況は好転していると告げる。家族も龍川にいるとわかり安心したジュンは、王に医書の編纂を申し出る。
遂に平壌城に到着したジュン一行。ジュンが医書のために遅れたと知った王は心証を害する。ジュンは消息を聞いて、城下を捜してようやく家族と再会。だが、ギョムから「家族を顧みない」と責められてしまう。続く倭軍の進撃に、光海君は自分が平壌城を守ると言う。さらに北に向かう王はドジを連れて出発。残ったジュンは傷病兵の治療にあたる。 義州(ウィジュ)を目指す王たちだが、具合の悪かった信城君がますます悪化し意識を失う。到着まで大丈夫と言ったドジはその場を取り繕う。そんなドジに王は「万一のことになったら許さない」と釘を刺す。その頃、平壌城では戦いに参加するギョムを見て、ダヒは「父への恨みを解くように」と言い聞かせる。義州では信城君が危篤となり…。