いまや地球を代表する人気キャラクター、ケロロ軍曹のオリジナル劇場版第3弾が、いよいよ2008年3月1日(土) 春休みに公開!!
宇宙の彼方ケロン星から、地球(ペコポン)を侵略しにやってきたケロロ小隊。劇場版第1弾と第2弾で、侵略どころか恐るべき危機から地球(ペコポン)を救い続けてしまったケロロ軍曹の前に、ついに最新! 最悪! 最強! の敵が現れた!!

今度の敵はケロロ!?
謎の天空都市を舞台に、ケロロ史上最大のバトルアクションが幕を開ける!!

インカ帝国の遺跡マチュピチュを訪れた冬樹とケロロ小隊。オカルト好きの冬樹は大喜びだが、ケロロの頭の中は地球(ペコポン)侵略のことでいっぱいだ。彼らはそこで迷路のような遺跡を発見するが、トラップに引っかかり脱出を余儀なくされる。そんななか、冬樹は一瞬、迷路の中にたたずむ一人の少女を見かける。少女の謎を抱えたまま東京に帰った冬樹とケロロたちの前に、最強の敵が現れる。姿はケロロとそっくりだが、ケロロと違って迅速かつ冷徹に地球(ペコポン)侵略を企てる“ダークケロロ”だ。彼はシヴァヴァ、ドルル、ミルルという優秀な部下たちを引き連れ、世界各地で侵略を開始する。それを迎え撃つケロロ小隊の運命は!?